Puesto que el consentimiento pierde fuerza como mecanismo de control, las medidas de seguridad que garanticen la integridad de la información e impidan los accesos no autorizados adquieren relevancia. El Consejo de Europa en su Informe de Situación sobre la Aplicación de los Principios de la Convención 108 a la Recogida y Proceso de los Datos Biométricos destacó la repercusión de la biometría en materia de derechos humanos (dignidad, integridad del cuerpo humano y cómo éste es utilizado por dicha tecnología). Señala que el artículo 8 de la Convención Europea de Derechos Humanos es especialmente pertinente en la biometría, ya que el derecho al respeto de la vida privada implica el respeto al cuerpo humano y, por consiguiente, la dignidad debe ser respetada durante el proceso de recogida y utilización de las características del cuerpo humano.

La Agencia Española de Protección de datos (Memoria de 2005) reconoce la importancia de la relación entre biometría y datos personales, destacando como riegos el tratamiento encubierto de datos biométricos, la usurpación de identidad y las consecuencias de los falsos negativos y positivos. Recuerda también la necesidad de aplicar los principios de proporcionalidad y finalidad en la utilización de técnicas biométricas y en la obtención leal de los datos a través del consentimiento.

El Grupo del artículo 29 también ha manifestado su postura al respecto en el documento de trabajo WP 80, donde muestra su preocupación por que los sistemas biométricos basados en datos como huellas digitales o muestras de ADN puedan obtenerse sin que el interesado sea consciente (puede dejar muestras sin darse cuenta). En 2002 este Grupo publicó un documento orientando acerca del contenido mínimo que las directrices de las empresas deberían reunir para el uso del correo electrónico e Internet, estableciendo que deben respetarse los principios de necesidad, transparencia, legitimidad, proporcionalidad, seguridad, exactitud y conservación de los datos para que una actividad de control empresarial sea legal y se justifique.

El Tribunal Constitucional ha señalado la necesidad de garantizar el pleno respeto al principio de proporcionalidad en su doctrina sobre la aplicación de estas técnicas de control en el entorno laboral. Para saber si una medida restrictiva de un derecho fundamental supera el juicio de proporcionalidad es necesario constatar si ésta es susceptible de conseguir el objetivo propuesto (juicio de idoneidad); si no existe otra más moderada para la consecución de tal propósito con igual eficacia (juicio de necesidad); y si es ponderada por derivarse de ella más beneficios para el interés general que perjuicios sobre otros bienes (juicio de proporcionalidad en sentido estricto).

Así, en su Sentencia 57/2007 de 26 de febrero, el TC rechazó la petición del recurrente por falta de acreditación de los posibles daños para la salud producidos por el control biométrico y la ausencia de restricción de ningún derecho fundamental. Destacó que "aunque el derecho a la intimidad personal forma parte de la intimidad corporal, ésta no se extiende a todo el cuerpo", de modo que "no pueden entenderse como intromisiones forzadas en la intimidad aquellas actuaciones que, por las partes del cuerpo sobre las que operan o por los instrumentos mediante los que se realizan, no constituyen violación del pudor o recato de la persona".