El INTA acelera OriGenes

Descubrir cómo podrían haber sido los estadios previos a la aparición de las primeras células y conocer la función que ejercieron hace 4,5 millones de años lo que se supone que eran moléculas de ácido ribonucleico (RNA) es el principal objetivo del Proyecto OriGenes que desarrolla el Centro de Astrobiología (CAB) perteneciente al CSIC y el INTA, y que acaba de recibir un impulso fundamental con la aplicación de tecnología de supercomputación. Concretamente, el CAB ha empezado a emplear en esta investigación un cluster HP-INTA, que se empezó a montar en 2004 con 16 nodos Integrity y entró en explotación en 2005 coincidiendo con la instalación de otros nueve nodos de mayor capacidad. La plataforma, que actualmente suma 25 nodos y dispone de un total de 52 procesadores Intel Itanium trabajando en paralelo y corriendo con Red Hat, ha acelerado sustancialmente la investigación, cuyos primeros estudios se realizaron en el cluster de máquinas Alpha del INTA, conocido como Beowulf. “Utilizando 16 nodos del cluster hemos logrado emplear 10 veces menos tiempo en el procesamiento”, señala la investigadora del CAB y responsable del Proyecto OriGenes, Susanna Manrubia. Actualmente, el cluster HP-INTA, que suma una memoria de 96 Gb, con una capacidad total en disco de 500 Gb en SAN más 40 Gb en local, además de la aplicación de OriGenes, hay otras disponibles, tanto comerciales -Matemática y Fluent-, como compiladores Intel para los códigos propios de un total de 12 proyectos distintos, con la particularidad de que OriGenes es el primer proyecto que se ha codificado en C, mientras que el resto utiliza Fortran. Myrinet para los nodos procesadores, GigaEthernet para la red de control y Ethernet para la gestión son las redes de interconexión para aplicaciones que utiliza el cluster, en el que “el INTA ha invertido hasta el momento alrededor de 500.000 euros sin considerar el almacenamiento externo y teniendo en cuenta que la inversión inicial estuvo en gran medida cofinanciada por HP”, comenta Pilar Vignado, responsable del área TI del INTA. Pero este no es el único cluster de que dispone el INTA. También cuenta con el mencionado Beowulf, que se ubica en el CAB y está formado por 32 nodos Alpha con sistema operativo Red Hat. Y un tercero ubicado en otro departamento que se compone de 24 procesadores Xeon con Linux y extensiones Moxis. , como el Cray EL90 con arquitectura vectorial con el que el INTA inicio su aventura en supercomputación hace ya 13 años o la máquina Origin que sustituyó a éste, “es una de las tendencias que marcan la evolución en este ámbito”, señala Isidro Cano, director de Supercomputación en HP Iberia. Asimismo y como avanza Vignado apuntando la línea de evolución, “seguiremos estudiando la aplicación que tiene la tecnología grid en nuestros proyectos de supercomputación”.